Evolutionäre und Ökologische Genomik

Wir befassen uns mit evolutionären und ökologischen Fragen in der integrierten Biologie, indem wir neuartige Genomikwerkzeuge und maschinelles Lernen nutzen. Zu unseren Interessen gehören die Robustheit polyploider Arten, die Evolution der Sprache, die Evolution von Paarungssystemen sowie die Genexpression und Bildanalyse unter natürlich schwankenden Bedingungen in natura. Wir entwickeln neue Bioinformatik-Tools (z.B. HomeoRoq für die polyploide RNA-seq), Tools für maschinelles Lernen (z. B. PlantServation) zur Analyse quantitativ grosser Datenmengen, die sowohl im Labor als auch in der Natur gewonnen wurden, sowie Datenbanken (z. B. GeLaTo, GEnes and LAnguages TOgether). Zu unseren Studienarten gehören Arabidopsis-Verwandte als Modellarten, Weizen als Kulturpflanze, tropische Bäume als umweltrelevante Arten und der Mensch. Wir freuen uns über neue Mitglieder mit neuen Ansätzen und Spezies.

Gruppenleitung: Prof. Dr. Kentaro K. Shimizu

Laufende Projekte

• Evolution von Selbst-Kompatibilität in Arabidopsis thaliana durch eine Mutation im männlichen Spezifitäts-Gen
• Vorhersage des Expressionslevels des Blütengens in natürlich fluktuierender Umwelt
• Netzwerkanalysen der Funktionen in duplizierten Genomen von erst kürzlich hybridisierten Arten
• Genetische, epigenetische und populationsgenetische Folgen von Artenbildung durch Genomduplikation (Polyploidisation)
• Molekulare Populationsgenetik tropischer Bäume
• Genomduplikationen in Mollusken
• Bakterielle Aktivitäten in der insektenfressenden Kannenpflanze Nepenthes

Unsere Forschungsprojekte sind hier beschrieben: Forschungsdatenbank der Universität Zürich.

Neuigkeiten

• 01. September 2023. Lab Ausflug.
• 22. November 2022. Genes and Languages
  UZH News: English German
• 03. August 2022. Global Spread of Powdery Mildew through Migration and Trade
  UZH News: English German
• 01. November 2021. Former Post-doctoral fellow Hiroyuki Kakui received "The Presentation award of the 140th meeting of the Japanese Society of Breeding" at the 140th meeting of the Japanese Society of Breeding.
  Link
• 25. November 2020. Wheat Diversity Due to Cross-Hybridization with Wild Grasses
  UZH News: English German
• 06. Oktober 2020. Evolution in Action: New Plant Species at Urnerboden
  UZH News: English German
• 08. Juni 2020. Newly Identified Gene Reduces Pollen Number of Plants
  UZH News: English German
• 03. September 2019. NHK World - Japan Science View, visiting TV crew (JPG, 384 KB) visit with Prof. Dr. Kentaro Shimizu
• NHK World - Japan Science View, visiting TV crew (JPG, 384 KB) visit with Prof. Dr. Kentaro Shimizu
• 11. Oktober 2018. Lab Ausflug to Lugano in the beautiful canton of Ticino.

• 05. September 2017. Genome sequencing of an underutilized finger millet
  UZH News: English German

• 04. Mai 2017. Lab Ausflug to the National Museum Zurich and the Botanical Garden.
• 17. März 2017. Suzuki Award for Dr. Eri Yamasaki.
• February & July 2016. Lab excursion to Heuberge, GR and Brissago, TI.
• 10. Dezember 2015. Prof. Dr. Kentaro Shimizu wurde auserwählt für den NISTEP Award (PDF in Japanisch) (Award for nice step researchers) vom Minister of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan.
• 20. November 2015. Science Channel by Japan Science and Technology Agency “Mystery of evolution studied by whole genome analysis” by Prof. Kentaro Shimizu, Dr. Reiko Akiyama, Dr. Masaomi Hatakeyama, 2015 (Untertitel in Englisch, gesprochen in Japanisch).
• 08. Januar 2015. Medienmitteilung der Universität Zürich über die Forschungsergebnisse unserer Gruppe.
  (Ausgeklügeltes System verhindert bei Petunie die Selbstbefruchtung).
• 22. Mai 2013. Medienmitteilung der Universität Zürich über die Forschungsergebnisse unserer Gruppe.
  Drought makes Borneo's trees flower at the same time (English)
  Trockenheit bringt Borneos Bäume gleichzeitig zum Blühen(Deutsch)
• 20. März 2012. Der Doktorand Masaki Kobayashi hat im Rahmen einer Posterpräsentation am internationalen Kongress "Joint meeting of the 59th Annual Meeting of Ecological Society of Japan and the 5th EAFES international congress East Asian Federation of Ecological Societies" folgenden Preis verliehen bekommen: "The Most Outstanding Poster Award of the Royal Society of London"
• 31. März 2011. Prof. Dr. Kentaro Shimizu hat einen der elf "Young Investigator Awards 2011" vom Human Frontier Science Program verliehen bekommen.
  http://www.hfsp.org/awardees/awards-archive/
• 07. Juli 2010. Dr. Takashi Tsuchimatsu hat als erstes Mitglied einer Schweizer Universität einen "Walter M. Fitch Award of the Society of Molecular Biology and Evolution" verliehen bekommen.
  http://www.smbe.org/awards/the-walter-m-fitch-award/
• 07. Juni 2010. Medienmitteilung der Universität Zürich über die Forschungsergebnisse unserer Gruppe.
  Plant memory in changing and fluctuating climates (English)
  Temperatur-Gedächtnis der Pflanzen dauert sechs Wochen (Deutsch)
• 18. April 2010. Medienmitteilung der Universität Zürich über unsere Nature Publikation.
  Self-fertilization in response to climate change (English)
  Selbstbefruchtung als Folge des Klimawandels(Deutsch)