S. cerevisiae Function ALL All genes NONE Single copy genes ONE Genes with 1 duplicate MANY Genes with >1 duplicates Cell Cycle/DNA Processing 344 0.1656 269 0.1836 54 0.1395 21 0.0933 Cytoskeleton 116 0.0558 84 0.0573 21 0.0543 11 0.0489 Energy 73 0.0351 23 0.0157 23 0.0594 27 0.1200 Metabolism 292 0.1406 222 0.1515 42 0.1085 28 0.1244 Protein Metabolism 404 0.1945 299 0.2041 63 0.1628 42 0.1867 Receptor Signalling 25 0.0120 18 0.0123 1 0.0026 6 0.0267 Ribosome 201 0.0968 97 0.0662 96 0.2481 8 0.0356 Transcription 178 0.0857 160 0.1092 15 0.0388 3 0.0133 Transcription Factor 156 0.0751 136 0.0928 15 0.0388 5 0.0222 Transport 288 0.1387 157 0.1072 57 0.1473 74 0.3289 2077 1465 387 225 S. pombe Cell Cycle/DNA Processing 454 0.1976 358 0.1951 52 0.1775 44 0.2588 Cytoskeleton 0 0.0000 0 0.0000 0 0.0000 0 0.0000 Energy 98 0.0426 86 0.0469 10 0.0341 2 0.0118 Metabolism 672 0.2924 563 0.3068 72 0.2457 37 0.2176 Protein Metabolism 445 0.1936 364 0.1984 50 0.1706 31 0.1824 Receptor Signalling 16 0.0070 11 0.0060 2 0.0068 3 0.0176 Ribosome 116 0.0505 53 0.0289 57 0.1945 6 0.0353 Transcription 207 0.0901 193 0.1052 10 0.0341 4 0.0235 Transcription Factor 16 0.0070 16 0.0087 0 0.0000 0 0.0000 Transport 274 0.1192 191 0.1041 40 0.1365 43 0.2529 2298 1835 293 170 D. melanogaster Cell Cycle/DNA Processing 204 0.0935 146 0.1015 34 0.0937 24 0.0633 Cytoskeleton 186 0.0853 111 0.0771 40 0.1102 35 0.0923 Energy 21 0.0096 9 0.0063 6 0.0165 6 0.0158 Metabolism 251 0.1151 176 0.1223 34 0.0937 41 0.1082 Protein Metabolism 478 0.2192 293 0.2036 62 0.1708 123 0.3245 Receptor Signalling 195 0.0894 117 0.0813 37 0.1019 41 0.1082 Ribosome 111 0.0509 80 0.0556 23 0.0634 8 0.0211 Transcription 31 0.0142 29 0.0202 2 0.0055 0 0.0000 Transcription Factor 483 0.2215 330 0.2293 88 0.2424 65 0.1715 Transport 221 0.1013 148 0.1028 37 0.1019 36 0.0950 2181 1439 363 379 C. elegans Cell Cycle/DNA Processing 272 0.0796 90 0.0625 26 0.0460 156 0.1106 Cytoskeleton 29 0.0085 15 0.0104 6 0.0106 8 0.0057 Energy 35 0.0102 14 0.0097 10 0.0177 11 0.0078 Metabolism 751 0.2198 294 0.2040 129 0.2283 328 0.2325 Protein Metabolism 1027 0.3006 418 0.2901 170 0.3009 439 0.3111 Receptor Signalling 60 0.0176 36 0.0250 9 0.0159 15 0.0106 Ribosome 66 0.0193 52 0.0361 8 0.0142 6 0.0043 Transcription 169 0.0495 71 0.0493 22 0.0389 76 0.0539 Transcription Factor 487 0.1425 244 0.1693 82 0.1451 161 0.1141 Transport 521 0.1525 207 0.1437 103 0.1823 211 0.1495 3417 1441 565 1411 E. coli Amino Acid Metabolism 127 0.0487 110 0.0508 12 0.0432 5 0.0303 Carbon compound catabolism 128 0.0491 99 0.0457 16 0.0576 13 0.0788 Cell Processes 186 0.0713 152 0.0702 20 0.0719 14 0.0848 Cell Structure 182 0.0698 150 0.0693 21 0.0755 11 0.0667 Central intermediary metabolism 188 0.0721 156 0.0720 25 0.0899 7 0.0424 Cofactor molecule metabolism 103 0.0395 97 0.0448 6 0.0216 0 0.0000 DNA synthesis/maintenance 115 0.0441 104 0.0480 6 0.0216 5 0.0303 Energy 240 0.0920 171 0.0789 59 0.2122 10 0.0606 Lipid metabolism 47 0.0180 44 0.0203 0 0.0000 3 0.0182 Membrane proteins 13 0.0050 10 0.0046 2 0.0072 1 0.0061 Nucleotide metabolism 58 0.0222 58 0.0268 0 0.0000 0 0.0000 "phage, transposon, or plasmid" 87 0.0333 62 0.0286 7 0.0252 18 0.1091 Putative chaperones 9 0.0034 5 0.0023 4 0.0144 0 0.0000 Putative enzymes 251 0.0962 225 0.1039 18 0.0647 8 0.0485 Regulatory function 178 0.0682 160 0.0739 9 0.0324 9 0.0545 Structural proteins 41 0.0157 37 0.0171 3 0.0108 1 0.0061 Transcription 54 0.0207 48 0.0222 1 0.0036 5 0.0303 Translation 182 0.0698 166 0.0766 14 0.0504 2 0.0121 Transport 420 0.1610 312 0.1440 55 0.1978 53 0.3212 2609 2166 278 165